Развој биохемије у Србији започео је после другог светског рата у областима биологије, хемије, медицине, фармације, као и у оквиру других научних дисциплина. Као последица интердисциплинарности ове науке, биохемичари су били организовани у оквиру већег броја друштава која традиционално окупљају стручњаке исте области (Српско хемијско друштво, Српско лекарско друштво, Друштво физиолога, Биолошко друштво, Друштво имунолога, Српско фармацеутско друштво). У оквиру неких од ових друштава (Српско хемијско друштво и Српско фармацеутско друштво) постојале су посебне секције за биохемију, које су и даље активне. Секција за биохемију Српског хемијског друштва основана је 1967. године. У оквиру Уније хемијских друштава Социјалистиче федеративне републике Југославије (СФРЈ) постојала је Комисија за биохемију, која је организовала заједничке и међународне активности биохемичара СФРЈ.

Биохемијско друштво Социјалистичке Републике Србије основано је 1976. године у Београду. Исте године је основан и Савез биохемијских друштава Југославије, који је обухватао биохемијска друштва свих република и покрајина. До 1991. године рад Биохемијског друштва Србије се одвијао самостално и кроз активности Савеза. Рад Друштва је у периоду 1991–1996. био у прекиду. Друштво је поново активирано и регистровано (1997. године) под називом Југословенско друштво за биохемију, а 2009. године су започете активности да се Друштво пререгиструје поново у Биохемијско друштво Србије. Нешто касније (1979. године) основано је и Биохемијско друштво Војводине са седиштем у Новом Саду, које је исте године прихваћено за члана Савеза, а од тада ради независно, али се укључује и у активности Друштва Србије и активности Савеза.

С обзиром на то да је након престанка постојања СФРЈ престало је и чланство Савеза у FEBS-у, у свим ново-основаним државама су регистрована национална биохемијска друштва. Иницијативу за организовање Југословенског друштва за биохемију (у тадашњој држави коју су чиниле Србија и Црна Гора) покренуо је Проф. др Дејан Мићић крајем 1996. године. Иницијативни одбор, у којем су поред професора Мићића, били представници из неколико институција из Београда и Новог Сада (Хемијски факултети из Београда и Новог Сада, Биолошки институт „Др Синиша Станковић“, Фармацеутски факултет из Београда, Институт за нуклеарне науке „Винча“, Пољопривредни факултет из Новог Сада) сагласио се са тим да се покрене организовање новог Друштва, те да се започну активности на његовом учлањивању у FEBS-у.

Оснивачка скупштина Југословенског друштва за биохемију одржана је 4. децембра 1996. године на Хемијском факултету у Београду. На скупштини је било 35 присутних из Београда и Новог Сада, који се сматрају оснивачима Друштва.

У одлуци о оснивању Друштва наводи се да је седиште Друштва на Биохемијском институту Медицинског факултета у Београду, те се укратко описује природа и наводе циљеви Друштва. Друштво је дефинисано као стручна и научна организација која делује на територији Југославије и окупља све заинтересоване научне раднике који се баве истраживањима из области биохемије. Истакнуто је да су циљеви друштва да развија, помаже и координира научна истраживања која доприносе развоју биохемије, да организује семинаре, предавања и скупове из ове области, да успостави сарадњу са сличним националним друштвима и међународним друштвима (нпр. FEBS, IUBMB), као и са нашим научницима широм света који се баве биохемијом, да популаризује биохемију у стручним круговима и средствима јавног информисања.

Обимне активности и преписку са органима FEBS-а око учлањивања Југословенског друштва у Федерацију водила је Проф. др Весна Никетић током 1997. и 1998. године. Велику помоћ у овоме је својим добронамерним саветима и својом наклоношћу према Друштву пружио Проф. др Вито Турк из Словеније, који је у том периоду обављао функцију генералног секретара FEBS. Југословенско друштво је примљено у FEBS једногласно (као 34. чланица) на састанку Савета FEBS у јулу 1998. у Копенхагену, који је одржан током редовног 25. FEBS конгреса.

Поступак пререгистрације Југословенског биохемијског друштва у Биохемијско друштво Србије завршен је решењем Агенције за привредне регистре, које је добијено је 05. јула 2011. године.

Биохемијско друштво Србије примљено је у FEBS као наследник Југословенског биохемијског друштва на годишњем састанку Савета FEBS-a одржаног 30. јуна 2011. у Торину.