Органи Биохемијског друштва Србије су:
- Скупштина,
- Управни одбор (који чине председник, потпредседник, секретар, благајник и седам чланова),
- Надзорни одбор Друштва
Функцију заступника врши Председник Друштва, а у његовом одсуству потпредседник и секретар Друшва.
Ради остваривања циљева Биохемијског друштва Србије, чланови Друштва се могу у договору са Управним одбором организовати по два основа: (а) формирати регионалне огранке (по регионалном принципу) и (б) формирати секције по научним областима.
Скупштину Друштва чине сви његови чланови. Скупштина се редовно састаје једном годишње.
Управни одбор је извршни орган Друштва, који се стара о спровођењу циљева Друштва који су утврђени Статутом. Управни одбор има 11 чланова које бира и опозива Скупштина. Мандат чланова Управног одбора траје четири године и могу се поново бирати на исту функцију.
Надзорни одбор контролише законитости рада Друштва, поштовање Статута и других правилника Друштва и њихову усаглашеност са Статутом; врши контролу финансијско-материјалног пословања и друге задатке у складу са законом и Статутом. Надзорни одбор бира Скупштина Друштва. Одбор има три члана и бира се на мандатни период од четири године, с тим да се мандат може обновити.